Scenerią filmu jest utopijne państwo totalitarne Timoka, leżące gdzieś w Europie. Posiada ono własny, dziwny język, starannie izoluje się od przybyszy, a po jego ulicach jeżdżą czołgi. Docierają tu dwie siostry, którym towarzyszy syn jednej z nich - Johan. Bohaterki bardzo się od siebie różnią: Anna jest hedonistyczna i zmysłowa, Ester intelektualna i opanowana. Te różnice są głównym powodem konfliktu, jaki się między nimi rozgrywa. Jego świadkiem jest mały Johan, którego postać Bergman bardzo eksponuje. To jego oczami obserwujemy świat będący czymś na kształt przerażającego labiryntu.
W tym mrocznym i niepokojącym filmie Bergman tworzy emocjonalną atmosferę, jaka towarzyszy konfrontacji człowieka z nieznanym światem. To, co dziwne, tajemnicze, pociągające, jest także wieloznaczne, obce i pełne grozy. Bezlitosna wizja Bergmana łączy się, z wyjątkową jak na początek lat 60. otwartością i gwałtownością scen erotycznych. Milczenie miało być w zamierzeniu filmem-snem pełnym onirycznych i fascynujących obrazów. I to one, a nie słowa miały być nośnikiem wszelkich znaczeń i emocji. Tytułowe "milczenie" odnosiło się do milczenia Boga i kryzysu wiary, któremu reżyser dał wyraz w filmach Siódma pieczęć, Jak w zwierciadle czy Goście Wieczerzy Pańskiej. Sam Bergman mówił o głównym konflikcie tego filmu: "to tumult, jaki powstaje pomiędzy ciałem i duszą, kiedy nie ma Boga".
Milczenie stanowi zwieńczenie bergmanowskiej trylogii będącej niezwykłą w kinematografii manifestacją artystycznej swobody i odwagi.